Школьная история аниме Phi Brain: Kami no Puzzle вращается вокруг Каито - любитель головоломок, который недавно перевелся в школу под названием Root Academy. Он выбран в качестве кандидата в Phi Brain за его выдающиеся умственные способности. Однажды, он и его друг детства Ноноха стали разгадывать "неразрешимые головоломки" скрытые в подземных руинах недалеко от школы. Они ориентируются по мобильному устройству, которое Каито получил от президента студенческого совета. Головоломка, угрожающая жизни, о создании таинственной организации, известной как POG. Когда он решает головоломку, он обозначается как "Решатель". Вместе с Ноноха и другими решателями, Каито сражается с POG.