Школьная история вращается вокруг Каито - любитель головоломок, который недавно перевелся в школы под названием Root Academy. Он выбран в качестве кандидата в Phi Brain за его выдающиеся умственные способности. Однажды, он и его друг детства Ноноха стали разгадывать "неразрешимые головоломки" скрытые в подземных руинах недалеко от школы. Они ориентируются по мобильному устройству, которое Каито получил от президента студенческого совета. Головоломка угрожающая жизни, создание таинственной организации, известной как POG. Когда он решает головоломку, он обозначается как "Решатель". Вместе с Ноноха и другими решателями, Каито сражается с POG.