Сюжет игры повествует о новых приключениях братьев Баба и Боба в безымянном космическом корабле, на который они наткнулись, следуя за сигналом о помощи. По непонятным для парочки причинам, в нескольких окружающих корабль планетах открылись "двери" из которых начали появляться пузыри, превратив космос в опасные дерби.

Вдобавок ко всему Боба похищают, так что Бабе предстоит спасти своего брата.

Классический геймплей, присущий всем играм серии, теперь получит новое продолжение в виде трехмерной картинки, реализация которой возможна только на 3DS.

В игре присутствует два режима: Puzzle Mode, состоящий из восьми миров и в общей сложности 88 уровней, а также Challenge Mode, где можно играть на время или бесконечно.